Stefano D’Alfonso è professore associato di Istituzioni di diritto pubblico, Dipartimento di Scienze sociali. Abilitato Prima fascia nel settore concorsuale D/12 Diritto amministrativo
Senatore accademico.
Delegato del Rettore in tema di «cultura dell’antimafia», è stato coordinatore del corso di laurea in Sociologia nel Polo universitario penitenziario Università Federico II, in cui insegna.  È stato tra i fondatori ed è Vice Presidente della Società scientifica italiana degli studi su mafie e antimafia e fondatore
Co-direttore con il prof. Rocco Sciarrone della Serie Mafie e Corruzione, Donzelli editore.
Direttore del Laboratorio interdisciplinare di ricerca sulle mafie e sulla corruzione, Federico II. Ha svolto in collaborazione con la Crui attività di ricerca in tema di mafie, in particolare dirigendo il gruppo di lavoro che ha predisposto la prima anagrafe degli insegnamenti e della ricerca universitaria in tema di mafie.
Recentemente ha coordinato gruppi di ricerca nell’ambito di progetti finanziati, ha curato ed è stato autore di diverse ricerche. Tra queste, nell’ambito della Convenzione quadro tra la Commissione parlamentare antimafia e la CRUI, ha coordinato ventinove studiosi di dieci atenei nella ricerca curata con l’allora Presidente della CRUI e                                                                        Ministro dell’università e della ricerca, Gaetano Manfredi, L’università nella lotta alle mafie. La ricerca e la                                                                                      formazione, Donzelli editore, 2021, e Universities in the fight against Mafias, Fedoa Press, 2022.
                                                                  Tra le sue pubblicazioni più recenti vi sono: Sulla natura giuridica dei beni pubblici destinati a finalità sociali. I                                                                            beni immobili confiscati alla criminalità organizzata (Collana Ordinamenti, Editoriale Scientifica, 2023);
                                                                 Potere di inchiesta parlamentare e sistema di protezione dei diritti (Collana Ricerche giuridiche, Editoriale                                                                                   scientifica, 2020); Mafie e libere professioni. Come riconoscere e contrastare l’area grigia (con A. De Chiara e G.                                                                     Manfredi, Serie Mafie e corruzione, Donzelli editore, 2018).